Panti Asuhan dan Pondok Pesantren Muhammadiyah Kota Madiun berdiri pada bulan Agustus 1981 atas prakarsa ( alm ) drg. Hj. Kresno, ( alm ) Bpk/ Ibu Muslimin, Ibu Hj. Oesman, Bpk/ Ibu Syakuri, Bpk/ Ibu Sastro Darmodjo. Pada awal berdiri Panti Asuhan dan Pondok Pesantren Muhammadiyah Kota Madiun bernama Panti Asuhan Yatim Piatu (PAYP) Muhammadiyah Madiun yang lokasinya di Jl. Merbabu (depan dawet suronatan) dengan cara menyewa, selain itu menempati rumah di Gang Muria. Kemudian pada tahun 1990-an pengelola panti membeli gedung di Jl. Merbabu No. 26 kota Madiun kemudian gedung tersebut direnovsi total dan dipergunakan sebagai asrama putra. Untuk asrama putri menempati rumah wakaf di jalan Joiranan No. 25 Kota Madiun.